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martes, octubre 11, 2011

MEGAVIRUS CHILENSIS: EL VIRUS MÁS GRANDE DEL PLANETA…ES 10 A 20 VECES MÁS GRANDE QUE UN VIRUS COMÚN…SUPERÓ EN TAMAÑO AL MIMIVIRUS HALLADO EN 1992

Científicos de la Universidad de Marsella (Francia) hallaron en las aguas del Océano Pacífico de las costas de Chile lo que sería el virus más grande del mundo. El Megavirus Chilensis, mide unas 0,7 micras de diámetro y es visible al microscopio de luz ordinaria, es 10 a 20 veces más que el promedio de los virus e incluso más grande que algunas bacterias. Por ahora, batió el récord en tamaño al Mimivirus, hallado en el Reino Unido en 1992. Estudio publicado en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

El nuevo microorganismo, aislado de una muestra de agua de mar, tiene estructuras filiformes externamente y más de 1000 genes (unos 1.259 millones de pares de base) usados para reproducirse dentro de las amebas "Todo se inicia a partir de una sola partícula y luego crece y crece hasta convertirse en esta fábrica de viriones o partículas víricas morfológicamente completas e infecciosas. Ésta es una nueva forma de hacer virología" expresó Jean-Michel Claverie de la Universidad de Aix-Marseille en Marsella (Francia).

Miguel O'Ryan, infectólogo de la Universidad de Chile descartó peligro alguno “Este virus no es una preocupación para el hombre ni para los animales. El tamaño no tiene nada que ver”. Añadió, que su importancia "gira en torno al interés de la ciencia, pero no tiene connotación para la vida humana o animal". Si bien, el hallazgo refuerza la existencia de los virus gigantes, ahora los expertos tienen 2 teorías por discutir: si los virus evolucionaron de células más grandes o si son una sumatoria de pedazos de genes que se fueron armando.


FUENTE:
http://www.rpp.com.pe/2011-10-11-encuentran-el-virus-mas-grande-del-mundo-frente-a-costas-de-chile-noticia_411920.html
http://www.lasegunda.com/Noticias/Impreso/2011/10/688156/descartan-que-megavirus-chilensis-sea-peligroso-para-los-humanos
http://www.lanacion.cl/megavirus-chilensis-el-virus-mas-grande-fue-ubicado-en-chile/noticias/2011-10-11/131022.html

jueves, julio 14, 2011

PGSC: CIENTÍFICOS FINALIZAN LA SECUENCIA DEL GENOMA DE LA PAPA…TIENE AL MENOS 39.000 GENES, CASI EL DOBLE DE LOS QUE POSEE EL SER HUMANO

El Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC), equipo internacional de científicos creado el 2006 y que hoy cuenta con 29 grupos de investigación en 14 países finalizó el primer borrador del genoma de la papa. El equipo, que incluye también a las universidades peruanas Cayetano Heredia (UPCH) de Lima y de San Cristóbal de Huamanga (UNSCH) de Ayacucho, logró así mapear el cuarto cultivo alimenticio más importante del mundo después de la soya, el arroz y el maíz. Estudio publicado en la revista Nature.

El proyecto incluyó tanto la secuencia del ADN, el mapa genético, el mapa físico, la búsqueda de genes de importancia para la resistencia a enfermedades, sequía y calidad, así como la formación de personal y compra de equipamiento. Permitirá a los investigadores del Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA), de la Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM) y de la UNSCH reducir los 10 a 12 años que actualmente son necesarios para obtener nuevas variedades, revolucionando así los programas de mejora genética y la exploración de la diversidad del germoplasma.

La “huella digital”, cuyo análisis genético podría llevar varios años, revela que el tubérculo perteneciente a la familia Solanaceae contiene unos 39.000 genes codificadores de proteínas (casi el doble del que posee el ser humano) y se estima que posee 840 millones de pares de bases repartidos en sus 12 cromosomas. Finalmente, la papa que es tetraploide, posee muchos genes parecidos a otras solanáceas como el tomate, tabaco, pimiento o berenjena, por lo que dicha información puede traer beneficios extendidos a otras especies.



FUENTE:
http://www.potatogenome.net/index.php/Main_Page
http://www.nature.com/news/2011/110710/full/news.2011.407.html
http://www.nuestroagro.com.ar/info/especiales/imprimir.asp?id=2783
http://www.rpp.com.pe/2011-07-12-cientificos-peruanos-descifran-el-adn-de-la-papa-noticia_384082.html

lunes, abril 18, 2011

GOS: MUESTRAS DE LA EXPEDICIÓN GLOBAL OCEAN SAMPLING REVELAN UNA “MATERIA OSCURA BIOLÓGICA”…¿EVOLUCIÓN RÁPIDA O UN POSIBLE 4º DOMINIO?

Craig Venter, Jonathan A. Eisen, Dongying Wu. Wu Martin, Aaron Halpern, Douglas B. Rusch, Yooseph Shibu y Marvin Frazier, del Instituto J.C. Venter y de la Universidad de California (EEUU) hallaron en las muestras recogidas del 2004 al 2007 por la Expedición Global de Muestro de los Océanos (GOS) genes no relacionados a ninguno de los 3 dominios del actual árbol de la vida propuesto por Woese & Fox en 1977 que se basa en las secuencias del ARN ribosomal de diversos organismos aislados y cultivados en laboratorio.

La existencia de millones de especies que no son aislables ni cultivables en laboratorio obligó a los expertos a buscar mediante técnicas metagenómicas nuevos sistemas filogenéticos usando para ello las secuencias del ARNr y de varias superfamilias de proteínas conservadas en casi todos los organismos, luego de crear árboles filogenéticos demostraron para sorpresa la existencia de secuencias desconocidas muy ramificadas que Eisen consideró que “Ellas son, en realidad, la materia oscura del universo biológico”.

Comparando por bioinformática se halló que algunas secuencias de las superfamilias recA y rpoB (Unknown 1 y 2) no encajaban en ninguna rama. Por lo que en un inicio se propusieron varios orígenes, sin embargo, un análisis más detallado determinará si dichos genes evolucionaron rápidamente o son producto de algún organismo con un genoma universalmente extraño, “La gente ha sugerido que ellos podrían ser una cuarta rama…simplemente no lo sabemos aún” preciso Eisen.





FUENTE:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018011 http://sphaerula.com/wordpress/science/evidence-for-a-fourth-major-branch-of-cellular-organisms/
http://www.biounalm.com/2011/03/datos-metagenomicos-indicarian-la.html
http://blogs.discovermagazine.com/loom/2011/03/18/glimpses-of-the-fourth-domain/
http://phylogenomics.blogspot.com/2011/03/story-behind-story-of-my-new-plosone.html
http://axxon.com.ar/noticias/2011/03/la-materia-oscura-de-la-biologia-insinua-un-cuarto-dominio-de-la-vida/
http://ciber-genetica.blogspot.com/2011/03/analisis-metagenomico-sugiere-un.html
http://cienciaexplicada.blogspot.com/2010/05/cazadores-de-genes.html

domingo, abril 17, 2011

PIRROLISINA: SE DESCIFRA LA BIOSINTESIS DEL AMINOÁCIDO 22 DEL CÓDIGO GENÉTICO…Y QUE SERÁ DEL CODÓN UAA ¿CODIFICARÁ AL AMINOÁCIDO 23?

De los 100 aminoácidos existentes solo 20 son codificados por el código genético, éste presenta 64 tripletes obtenidos de la combinación de las 4 bases nitrogenadas del ADN, de ellos, solo 3 (UGA, UAA y UAG) son Stop o terminadores de la traducción proteica y se creían que no codificaban a ningún aminoácido. Sin embargo, en 1986 se halló que UGA codificaba para el aminoácido 21 o Selenocisteína presente en selenoenzimas como la glutatión peroxidasa o la formato deshidrogenada que tienen Selenio en su estructura.

El 2009, Turanov y colegas demostraron que el ciliado Euplotes crassus usaba UGA para la Selenocisteína y la Cisteína, siendo el primer caso donde un triplete codificaba a 2 aminoácidos distintos. Ya en el 2002, Srinivasan, Hao entre otros colaboradores hallaron a la Pirrolisina en la arquea Methanosarcina barkeri, lo que extendió el código genético a 22 aminoácidos. Aunque, su síntesis era desconocida, este mes, investigadores de la Universidad Estatal de Ohio (EEUU) liderados por la Dra. Marsha y A. Gaston lograron descifrarla.

Inicialmente se estimó que el aminoácido 22 se formaba de una Lisina y otro aminoácido, pero al demostrarse que la arquea usaba el triplete UAG en su operón pylTSBCD pudo determinarse su origen. Para ello, se insertaron en la bacteria E. coli. el operon más el gen de una metiltransferasa que contiene en su estructura a la Pirrolisina y usando Lisina marcada radiactivamente se analizó la síntesis de dicha enzima. Se concluyó así que la Pirrolisina se formaba de la unión de 2 Lisinas con la pérdida de un grupo nitrogenado.

AMINOACIDO 21: SELENOCISTEÍNA
ABREVIATURA:
Sec
SÍMBOLO:
U
CODON:
UGA

AMINOACIDO 22: PIRROLISINA
ABREVIATURA:
Pyl
SÍMBOLO:
O
CODÓN:
UAG



FUENTE:
http://www.osu.edu/
http://www.biounalm.com/search?updated-max=2011-04-06T19%3A46%3A00-05%3A00&max-results=10
http://genetica.diariomedico.com/2011/03/31/area-cientifica/especialidades/genetica/aminoacido-pirrolisina-surge-por-actividad-de-un-solo-precursor-lisina

viernes, abril 08, 2011

MIMIVIRUS: EL VIRUS GIGANTE EN TAMAÑO Y GENOMA VUELVE HACER NOTICIA…¿UN NUEVO DOMINIO? ¿ORIGINÓ EL NÚCLEO EUCARIOTA? ¿EXPLICA EL ORIGEN DE LA VIDA?

El Mimivirus es el virus más grande que se conoce, pertenece al grupo de los grandes virus de ADN nucleocitoplasmáticos (NCLDV) el cual comprende varias familias víricas como los poxvirus e iridovirus (virus gigantes de peces y anfibios) y los phycodnavirus (virus gigantes de plantas y algas verdes). Fue hallado mientras se estudiaba la legionelosis, una enfermedad causada por la bacteria Legionella. Infecta normalmente a la ameba acuática Acanthomoeba polyphaga y en humanos se le ha detectado como causante de neumonía.

Cada virión tiene un diámetro de 800 nm, su cápside presenta 2 membranas lipídicas internas rodeando su núcleo central y una envoltura externa de proteínas. Su genoma de ADN de doble cadena contiene cerca de 1,2 Mpb (mega pares de bases) el cual codifica 911 proteínas. Inicialmente fue confundido con una bacteria Gram (+) ya que "imitaba" (mimic) a dicha tinción. Por su tamaño, es posible verlo con un microscopio óptico convencional a diferencia del resto de virus que requieren de un microscopio electrónico.

Descubierto en 1992 en Bradford (Inglaterra) e identificado el 2003 por investigadores de la Université de la Méditerranée (Francia), actualmente es un organismo modelo de gran interés científico ya que su replicación sin ayuda del núcleo de la célula hospedera postula que estos virus dieron lugar al núcleo de células vegetales y animales. Por otra parte, algunos de sus genes han sido conservados en una variedad de virus que son capaces de infectar organismos de cualquiera de los 3 dominios Eukarya, Archaea y Bacteria.




martes, febrero 22, 2011

KEGG: 1437 GENOMAS SECUENCIADOS DE ORGANISMOS EUCARIOTAS, BACTERIAS Y ARCHAEAS A FEBRERO 2011

EUCARIOTAS: 157 (17 aún en borrador)
BACTERIAS: 1185 (ver fuente)
ARCHAEAS: 95 (ver fuente)

GENOMAS COMPLETOS DE ORGANISMOS EUCARIOTAS

ANIMALES VERTEBRADOS (23)
MAMÍFEROS (13)
hsa - Homo sapiens (humano)
ptr - Pan troglodytes (chimpance)
pon - Pongo abelii (orangután de Sumatra)
mcc - Macaca mulatta (mono rhesus)
mmu- Mus musculus (ratón)
rno - Rattus norvegicus (rata)
cfa - Canis familiaris (perro)
aml - Ailuropoda melanoleuca (panda gigante)
bta - Bos taurus (vaca)
ssc - Sus scrofa (cerdo)
ecb - Equus caballus (caballo)
mdo - Monodelphis domestica (zarigüeya)
oaa - Ornithorhynchus anatinus (ornitorrinco)
AVES (02)
gga - Gallus gallus (gallo)
tgu - Taeniopygia guttata (pinzón cebra)
ANFIBIOS (02)
xla - Xenopus laevis (rana de uñas africana)
xtr - Xenopus tropicalis (rana de uñas occidental)
PECES (04)
dre - Danio rerio (pez cebra)
dfru - Fugu rubripes (pez globo tigre)
dtni - Tetraodon nigroviridis (pez globo verde)
dola - Oryzias latipes (pez del arroz)
CEFALOCORDADOS (01)
bfo - Branchiostoma floridae (anfioxus florida)
TUNICADOS (01)
cin - Ciona intestinalis (ascidia)

ANIMALES INVERTEBRADOS (33)

EQUINODERMOS (01)
Spu - Strongylocentrotus purpuratus (erizo de mar púrpura)

ARTRÓPODOS (25)
INSECTOS (23)
dme - Drosophila melanogaster (mosca de la fruta)
dpo - Drosophila pseudoobscura pseudoobscura (mosca de la fruta)
dan - Drosophila ananassae (mosca de la fruta)
der - Drosophila erecta (mosca de la fruta)
dpe - Drosophila persimilis (mosca de la fruta)
dse - Drosophila sechellia (mosca de la fruta)
dsi - Drosophila simulans (mosca de la fruta)
dwi - Drosophila willistoni (mosca de la fruta)
dya - Drosophila yakuba (mosca de la fruta)
dgr - Drosophila grimshawi (mosca de la fruta)
dmo - Drosophila mojavensis (mosca de la fruta)
dvi - Drosophila virilis (mosca de la fruta)
aga - Anopheles gambiae (mosquito)
aag - Aedes aegypti (mosquito de la fiebre amarilla)
cqu - Culex quinquefasciatus (mosquito doméstico del sur)
ame - Apis mellifera (abeja de la miel)
nvi - Nasonia vitripennis (avispa de joya)
dbmo- Bombyx mori (gusano de seda)
tca - Tribolium castaneum (escarabajo rojo de la harina)
api - Acyrthosiphon pisum (áfido de la arveja)
dapi - Acyrthosiphon pisum (áfido de la arveja)
phu - Pediculus humanus corporis (piojo del cuerpo humano)
dphu- Pediculus humanus (piojo del cuerpo humano)
CRUSTÁCEO (01)
ddpu- Daphnia pulex (pulga de agua)
ÁCARO (01)
isc - Ixodes scapularis (garrapata de patas negras)

NEMÁTODOS (03)
cel - Caenorhabditis elegans
cbr - Caenorhabditis briggsae
bmy - Brugia malayi (filaria)

PLATELMINTO (01)
smm- Schistosoma mansoni

CNIDARIOS (02)
nve - Nematostella vectensis (anémona de mar)
hmg - Hydra magnipapillata

PLACOZOO (01)
tad - Trichoplax adhaerens

PLANTAS (17)

DICOTILEDONEAS (06)
ath - Arabidopsis thaliana (berro de thale)
dlja - Lotus japonicus (loto)
dmtr Medicago truncatula (leguminosa)
pop - Populus trichocarpa (álamo negro)
rcu - Ricinus communis (higuerilla)
vvi - Vitis vinifera (uva de vinificación)
MONOCOTILEDONEAS (05)
osa - Oryza sativa japonica (arroz japonés)
dosa- Oryza sativa japonica (RAPDB) (arroz japonés)
dbdi - Brachypodium distachyon (forraje)
sbi - Sorghum bicolor (sorgo)
zma - Zea mays (maíz)
MUSGOS (01)
ppp - Physcomitrella patens subsp. Patens (musgo)
ALGAS (05)
cre - Chlamydomonas reinhardtii (alga verde)
vcn - Volvox carteri f. nagariensis (alga verde)
olu - Ostreococcus lucimarinus (alga verde)
ota - Ostreococcus tauri (alga verde)
cme - Cyanidioschyzon merolae (alga roja)

HONGOS (52)

ASCOMICETOS (42)
sce - Saccharomyces cerevisiae (levadura de gemación)
dsrd- Saccharomyces paradoxus (levadura)
dsmi- Saccharomyces mikatae (levadura)
dsba- Saccharomyces bayanus (levadura)
ago - Ashbya gossypii (Eremothecium gossypii) (levadura)
kla - Kluyveromyces lactis (levadura)
lth - Lachancea thermotolerans (levadura)
dkwa- Kluyveromyces waltii (levadura)
ppa - Pichia pastoris (levadura)
vpo - Vanderwaltozyma polyspora (levadura)
zro - Zygosaccharomyces rouxii (levadura)
cgr - Candida glabrata (levadura)
dha - Debaryomyces hansenii (levadura)
pic - Pichia stipitis (levadura)
pgu - Pichia guilliermondii (levadura)
lel - Lodderomyces elongisporus (levadura)
cal - Candida albicans (levadura)
ctp - Candida tropicales (levadura)
cdu - Candida dubliniensis (levadura)
yli - Yarrowia lipolytica (levadura)
clu - Clavispora lusitaniae (levadura)
ncr - Neurospora crassa (hongo filamentoso)
pan - Podospora anserina (hongo filamentoso)
mgr - Magnaporthe oryzae (hongo filamentoso)
fgr - Fusarium graminearum (hongo filamentoso)
ssl - Sclerotinia sclerotiorum (hongo filamentoso)
bfu - Botryotinia fuckeliana (hongo filamentoso)
ani - Aspergillus nidulans (hongo filamentoso)
dani- Aspergillus nidulans (AspGD) (hongo filamentoso)
afm - Aspergillus fumigatus (hongo filamentoso)
nfi - Neosartorya fischeri (hongo filamentoso)
aor - Aspergillus oryzae (hongo filamentoso)
ang - Aspergillus niger (hongo filamentoso)
afv - Aspergillus flavus (hongo filamentoso)
act - Aspergillus clavatus (hongo filamentoso)
pcs - Penicillium chrysogenum (hongo filamentoso)
cim - Coccidioides immitis (hongo filamentoso)
cpw - Coccidioides posadasii (hongos dimórficos)
ure - Uncinocarpus reesii (hongo filamentoso)
pno - Phaeosphaeria nodorum (hongo filamentoso)
tml - Tuber melanosporum (hongos periteciales)
spo - Schizosaccharomyces pombe (levadura de fisión)
BASIDIOMICETOS (10)
cne - Cryptococcus neoformans JEC21 (hongo levaduriforme)
cnb - Cryptococcus neoformans B-3501A (hongo levaduriforme)
ppl - Postia placenta (hongo levaduriforme)
dpch- Phanerochaete chrysosporium (seta)
lbc - Laccaria bicolor (seta)
mpr - Moniliophthora perniciosa (seta)
cci - Coprinopsis cinerea (seta)
scm - Schizophyllum commune (seta)
uma - Ustilago maydis (seta)
mgl - Malassezia globosa (seta)

PROTISTAS (32)

MICROSPORIDIOS (01)
ecu - Encephalitozoon cuniculi
COANOFLAGELADOS (01)
mbr - Monosiga brevicollis (monosiga)
AMEBAFLAGELADOS (01)
ngr - Naegleria gruberi (ameba flagelada)
DICTYOSTELIO (01)
ddi - Dictyostelium discoideum (moho plasmodial del barro)
AMEBAS (02)
ehi - Entamoeba histolytica (entamoeba)
edi - Entamoeba dispar (entamoeba)
APICOMPLEXOS (14)
pfa - Plasmodium falciparum 3D7 (plasmodio)
pfd - Plasmodium falciparum Dd2 (plasmodio)
pfh - Plasmodium falciparum HB3 (plasmodio)
pyo - Plasmodium yoelii (plasmodio)
pcb - Plasmodium chabaudi (plasmodio)
pbe - Plasmodium berghei (plasmodio)
pkn - Plasmodium knowlesi (plasmodio)
pvx - Plasmodium vivax (plasmodio)
tan - Theileria annulata (theileria)
tpv - Theileria parva (theileria)
bbo - Babesia bovis (babesia)
cpv - Cryptosporidium parvum (criptosporidio)
cho - Cryptosporidium hominis (criptosporidio)
tgo - Toxoplasma gondii (toxoplasma)
CILIADOS (02)
tet - Tetrahymena thermophila (tetrahymena)
ptm - Paramecium tetraurelia (paramecio)
KINETOPLASTIDOS (05)
tbr - Trypanosoma brucei (tripanosoma)
tcr - Trypanosoma cruzi (tripanosoma)
lma - Leishmania major (leishmania)
lif - Leishmania infantum (leishmania)
lbz - Leishmania braziliensis (leishmania)
DIPLOMONADA (01)
gla - Giardia lamblia (giardia)
PARABASALIDO (01)
tva - Trichomonas vaginalis (tricomona)
DIATOMEAS (02)
pti - Phaeodactylum tricornutum
tps - Thalassiosira pseudonana
OOMICETO (01)
pif - Phytophthora infestans (rancha)



FUENTE:
http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html

lunes, enero 31, 2011

EVOLUCION HUMANA: ANÁLISIS DE GENOMAS DEL ORANGUTÁN, CHIMPANCE Y HUMANO…EN BUSCA DE NUESTRO ANCESTRO MÁS CERCANO

Si bien, el estudio del reciente genoma secuenciado del orangután contribuirá a la conservación de éste para evitar su extinción, diversas investigaciones postulan que analizado con el genoma humano y del chimpancé permite entender mejor nuestra evolución. El primero, liderado por Mikkel H. Schierup y Thomas Mailund de la Universidad Aarhus (Dinamarca) y publicado en la revista Genome Research, detalla que el humano además de tener un 99% de genes del chimpancé, coincide en un 97% con las del orangután.

Una nueva investigación publicada en la revista Nature y liderado por Devin Locke, de la Universidad de Washington (EE.UU) también determinó que hay secuencias de nuestro genoma que están más relacionadas con del orangután que con del chimpancé, debido a que éstos últimos perdieron una parte de genes en su camino evolutivo. Pues según, los expertos dan cuenta que nuestra especie se habría separado del orangután y chimpancé hace unos 14 y 6 millones de años respectivamente.

De otro lado, estudios de Jeffrey H. Schwartz de la Universidad de Pittsburgh y John Grehan del Museo de la Ciencia de Buffalo (EEUU), sugieren que los humanos comparten un ancestro común con orangutanes que con chimpancés. Para ello se analizaron cientos de características físicas, encontrando que los humanos comparten 28 características únicas con los orangutanes, 2 características únicas con los chimpancés, 7 con los gorilas y 7 con los tres. El estudio proporciona así, una prueba más de la relación humanos-orangután.


FUENTE:
http://e-ciencia.com/blog/noticias/el-orangutan-tiene-un-97-de-genoma-humano/
http://www.nature.com/nature/journal/v469/n7331/full/nature09687.html
http://www.bbc.co.uk/mundo/noticias/2011/01/110128_genoma_orangutan_cerca_hombre_pl.shtml http://www.elmundo.es/elmundo/2009/06/19/ciencia/1245402182.html

jueves, octubre 07, 2010

PARIS JAPONICA: EL VEGETAL QUE TENDRÍA EL GENOMA MÁS GRANDE DE TODOS LOS SERES VIVOS

Investigadores del Jardín Botánico Real de Kew, en Londres, hallaron el genoma más largo, en la planta Paris japonica originario de Japón, el cual es 50 veces más grande que los humanos. El genoma, es el conjunto de los genes de una especie, el cual determina su forma y función, aunque su diversidad en plantas y animales ha fascinado, también ha desconcertado a los científicos ya que su variación se detectó por primera vez en el siglo XX. El estudio fue publicado en el Diario Botánico de la Linnean Society.

El científico Ilia Leitch, del Laboratorio Jodrell, dice: "Estábamos asombrados al descubrir que esta planta asombrosa pequeña tenía un genoma grande, es tan grande que cuando se estira hacia fuera, sería más alto que el Big Ben”. Los expertos aseguran que este tipo de genomas son de gran importancia ya que en una especie con mayor tamaño, su duplicación celular será más difícil y tendrá mayor riesgo de extinción; una menor probabilidad de vida, adaptación a vivir en suelos contaminados y tolerancia a condiciones ambientales extremas.

Existe una diversidad de tamaños de genoma. El más pequeño registrado a la fecha pesa 0.0023 picogramo (pg) de ADN y se encuentra en un parásito intestinal humano y de otros mamíferos. El genoma humano, es de 3,0 pg, pero insignificante en comparación a los que se encuentran en algunos animales y plantas. Aunque algunos anfibios tienen genomas grandes, el mayor hasta ahora es del pez pulmón de mármol (Protopterus aethiopicus) con 132,83 pg. En plantas, están los del género Fritillaria y Trillium, con 132,50 pg este último.

FUENTE:
http://www.kew.org/about-kew/press-media/press-releases-kew/largest-genome/
http://www.bbc.co.uk/mundo/ultimas_noticias/2010/10/101007_ultnot_genoma_record_planta_paris_japonica_jp.shtml

sábado, julio 10, 2010

PIROFOSFITO: LA MOLÉCULA ENERGÉTICA QUE PUDO SER USADA POR LAS PRIMERAS FORMAS DE VIDA ANTES DEL ADENOSIN TRI FOSFATO

Científicos de la Universidad de Leeds (Reino Unido) descubrieron que un compuesto poco conocido denominado pirofosfito podría haber sido la primera fuente importante de energía para las primeras formas de vida hace miles de millones de años, aportando nuevas pistas sobre el origen de la vida en la Tierra a partir de la materia inanimada y del cual existen varias teorías. Investigación que fue publicada en la revista Chemical Communications.

Para los expertos, el dilema actual se halla sobre qué surgió primero, si la replicación o el metabolismo, al cual se suma un tercer elemento, la energía. Los seres vivos necesitan para funcionar de un suministro continuo de energía utilizable, una de ellas es el ATP. En el humano solo hay 250 gramos de ATP, equivalente a la energía de una pila AA, el cual es usado y renovado a diario en las células mediante la respiración, proceso dirigido por diversas enzimas.

Entornes, si se requieren enzimas para generar ATP y viceversa, la pregunta es: ¿De dónde proviene la energía antes de la existencia de ambas? La respuesta estaría en el pirofosfito, moléculas simples muy similares al ATP y que transfieren energía sin la necesidad de enzimas. Sin embargo, aún no está claro el origen terrestre del fósforo, componente activo tanto del pirofosfito y ATP, aunque ciertas teorías sugieren en los meteoritos que colisionaron con la Tierra hace varios miles de millones de años.


FUENTE:
http://www.amazings.com/ciencia/noticias/300610e.html
http://www.denunciando.com/enigmas-y-misterios-26/259724-el-pirofosfito-permitio-que-se-formara-la-vida-en-la-tierra.html
http://www.todointeresante.com/2010/06/pirofosfito-primera-fuente-energia-vida.html

domingo, julio 04, 2010

TREEs OF LIFE 2010: ÁRBOLES MOLECULARES DE LA VIDA SOLO PARA FINES EDUCATIVOS… PROHIBIDO SU VENTA

AUTORES: DAVID M. HILLIS, ZWICKL DERRICK, Y GUTELL ROBIN
INSTITUCIÓN: UNIVERSIDAD DE TEXAS – ESTADOS UNIDOS
NÚMERO DE ESPECIES: 3000 EN BASE A LAS SECUENCIAS DEL ARNr
BASADOS EN:
- REVISTA SCIENCE, 2003, 300:1692-1697
- LA CIENCIA DE LA BIOLOGÍA, 2009 NOVENA EDICIÓN, D. SADAVA, HILLIS DM, HELLER HC Y BARENBAUM M.


FUENTE:
http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/TreeofLife2.pdf
http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/tree.pdf
http://biounalm.com/2010/06/descarguen-el-arbol-de-la-vida-completo.html

viernes, junio 25, 2010

KEGG: 1278 GENOMAS SECUENCIADOS DE ORGANISMOS EUCARIOTAS, BACTERIAS Y ARCHAEAS A JUNIO 2010

EUCARIOTAS: 147 (16 EN BORRADOR)
BACTERIAS: 1047 (VER SITIO WEB)
ARCHAEAS: 84 (VER SITIO WEB)

GENOMAS COMPLETOS DE ORGANISMOS EUCARIOTAS

ANIMALES VERTEBRADOS (21)
MAMÍFEROS (11)
hsa - Homo sapiens (humano)
ptr - Pan troglodytes (chimpance)
mcc - Macaca mulatta (mono rhesus)
mmu- Mus musculus (ratón)
rno - Rattus norvegicus (rata)
cfa - Canis familiaris (perro)
bta - Bos taurus (vaca)
ssc - Sus scrofa (cerdo)
ecb - Equus caballus (caballo)
mdo - Monodelphis domestica (zarigüeya)
oaa - Ornithorhynchus anatinus (ornitorrinco)
AVES (02)
gga - Gallus gallus (gallo)
tgu - Taeniopygia guttata (pinzón cebra)
ANFIBIOS (02)
xla - Xenopus laevis (rana de uñas africana)
xtr - Xenopus tropicalis (rana de uñas occidental)
PECES (04)
dre - Danio rerio (pez cebra)
dfru - Fugu rubripes (pez globo tigre) (BORRADOR)
dtni - Tetraodon nigroviridis (pez globo verde) (BORRADOR)
dola - Oryzias latipes (pez del arroz) (BORRADOR)
CEFALOCORDADOS (01)
bfo - Branchiostoma floridae (anfioxus florida)
TUNICADOS (01)
cin - Ciona intestinalis (ascidia)

ANIMALES INVERTEBRADOS (36)
EQUINODERMOS (01)

Spu - Strongylocentrotus purpuratus (erizo de mar púrpura)
ARTRÓPODOS (28)
dme - Drosophila melanogaster (mosca de la fruta)
dpo - Drosophila pseudoobscura pseudoobscura (mosca de la fruta)
dan - Drosophila ananassae (mosca de la fruta)
der - Drosophila erecta (mosca de la fruta)
dpe - Drosophila persimilis (mosca de la fruta)
dse - Drosophila sechellia (mosca de la fruta)
dsi - Drosophila simulans (mosca de la fruta)
dwi - Drosophila willistoni (mosca de la fruta)
dya - Drosophila yakuba (mosca de la fruta)
dgr - Drosophila grimshawi (mosca de la fruta)
dmo - Drosophila mojavensis (mosca de la fruta)
dvi - Drosophila virilis (mosca de la fruta)
aga - Anopheles gambiae (mosquito)
aag - Aedes aegypti (mosquito de la fiebre amarilla)
cqu - Culex quinquefasciatus (mosquito doméstico del sur)
ame - Apis mellifera (abeja de la miel)
nvi - Nasonia vitripennis (avispa de joya)
dbmo- Bombyx mori (gusano de seda) (BORRADOR)
tca - Tribolium castaneum (escarabajo rojo de la harina)
api - Acyrthosiphon pisum (áfido de la arveja)
dapi - Acyrthosiphon pisum (áfido de la arveja) (BORRADOR)
phu - Pediculus humanus corporis (piojo del cuerpo humano)
dphu- Pediculus humanus (piojo del cuerpo humano) (BORRADOR)
ddpu- Daphnia pulex (pulga de agua) (BORRADOR)
isc - Ixodes scapularis (garrapata de patas negras)
NEMÁTODOS (04)
cel - Caenorhabditis elegans (nematodo)
cbr - Caenorhabditis briggsae (nematodo)
bmy - Brugia malayi (filaria)
smm- Schistosoma mansoni (nematodo)
CNIDARIOS (03)
nve - Nematostella vectensis (anemona de mar)
hmg - Hydra magnipapillata
tad - Trichoplax adhaerens

PLANTAS (15)
PLANTAS SUPERIORES (10)
ath - Arabidopsis thaliana (berro de thale)
deja - Lotus japonicus (loto) (BORRADOR)
pop - Populus trichocarpa (álamo negro)
rcu - Ricinus communis (higuerilla)
vvi - Vitis vinifera (uva de vinificación)
osa - Oryza sativa japonica (arroz japonés)
dosa- Oryza sativa japonica (RAPDB) (arroz japonés) (BORRADOR)
sbi - Sorghum bicolor (sorgo)
zma - Zea mays (maíz)
PLANTAS INFERIORES (05)
MUSGOS (01)
ppp - Physcomitrella patens subsp. Patens (musgo)
ALGAS (04)
cre - Chlamydomonas reinhardtii (alga verde)
olu - Ostreococcus lucimarinus (alga verde)
dota - Ostreococcus tauri (alga verde) (BORRADOR)
cme - Cyanidioschyzon merolae (alga roja)

HONGOS (48)
ASCOMICETOS (40)
sce - Saccharomyces cerevisiae (levadura de gemación)
dsrd- Saccharomyces paradoxus (levadura) (BORRADOR)
dsmi- Saccharomyces mikatae (levadura) (BORRADOR)
dsba- Saccharomyces bayanus (levadura) (BORRADOR)
ago - Ashbya gossypii (Eremothecium gossypii) (levadura)
kla - Kluyveromyces lactis (levadura)
lth - Lachancea thermotolerans (levadura)
dkwa- Kluyveromyces waltii (levadura) (BORRADOR)
dha - Debaryomyces hansenii (levadura)
pic - Pichia stipitis (levadura)
ppa - Pichia pastoris (levadura)
pgu - Pichia guilliermondii (levadura)
vpo - Vanderwaltozyma polyspora (levadura)
lel - Lodderomyces elongisporus (levadura)
zro - Zygosaccharomyces rouxii (levadura)
cal - Candida albicans (levadura)
ctp - Candida tropicales (levadura)
cdu - Candida dubliniensis (levadura)
cgr - Candida glabrata (levadura)
yli - Yarrowia lipolytica (levadura)
clu - Clavispora lusitaniae (levadura)
spo - Schizosaccharomyces pombe (levadura de fisión)
ncr - Neurospora crassa (hongo filamentoso)
pan - Podospora anserina (hongo filamentoso)
mgr - Magnaporthe oryzae (hongo filamentoso)
fgr - Fusarium graminearum (hongo filamentoso)
ani - Aspergillus nidulans (hongo filamentoso)
dani- Aspergillus nidulans (BROAD) (hongo filamentoso) (BORRADOR)
afm - Aspergillus fumigatus (hongo filamentoso)
aor - Aspergillus oryzae (hongo filamentoso)
ang - Aspergillus niger (hongo filamentoso)
afv - Aspergillus flavus (hongo filamentoso)
act - Aspergillus clavatus (hongo filamentoso)
pcs - Penicillium chrysogenum (hongo filamentoso)
nfi - Neosartorya fischeri (hongo filamentoso)
cim - Coccidioides immitis (hongo filamentoso)
ure - Uncinocarpus reesii (hongo filamentoso)
ssl - Sclerotinia sclerotiorum (hongo filamentoso)
bfu - Botryotinia fuckeliana (hongo filamentoso)
pno - Phaeosphaeria nodorum (hongo filamentoso)
BASIDIOMICETOS (08)
cne - Cryptococcus neoformans JEC21 (hongo levaduriforme)
cnb - Cryptococcus neoformans B-3501A (hongo levaduriforme)
ppl - Postia placenta (hongo levaduriforme)
dpch- Phanerochaete chrysosporium (setas) (BORRADOR)
lbc - Laccaria bicolor (setas)
mpr - Moniliophthora perniciosa (setas)
uma - Ustilago maydis (setas)
mgl - Malassezia globosa (setas)

PROTOZOARIOS (31)
MICROSPORIDIOS (01)

ecu - Encephalitozoon cuniculi
COANOFLAGELADOS (01)
mbr - Monosiga brevicollis (monosiga)
AMEBAS (18)
ngr - Naegleria gruberi (ameba flagelada)
ddi - Dictyostelium discoideum (moho plasmodial del barro)
ehi - Entamoeba histolytica (entamoeba)
edi - Entamoeba dispar (entamoeba)
pfa - Plasmodium falciparum 3D7 (plasmodio)
pfd - Plasmodium falciparum Dd2 (plasmodio)
pfh - Plasmodium falciparum HB3 (plasmodio)
pyo - Plasmodium yoelii (plasmodio)
pcb - Plasmodium chabaudi (plasmodio)
pbe - Plasmodium berghei (plasmodio)
pkn - Plasmodium knowlesi (plasmodio)
pvx - Plasmodium vivax (plasmodio)
tan - Theileria annulata (theileria)
tpv - Theileria parva (theileria)
bbo - Babesia bovis (babesia)
cpv - Cryptosporidium parvum (criptosporidio)
cho - Cryptosporidium hominis (criptosporidio)
tgo - Toxoplasma gondii (toxoplasma)
CILIADOS (02)
tet - Tetrahymena thermophila (tetrahymena)
ptm - Paramecium tetraurelia (paramecio)
FLAGELADOS (09)
tbr - Trypanosoma brucei (tripanosoma)
tcr - Trypanosoma cruzi (tripanosoma)
lma - Leishmania major (leishmania)
lif - Leishmania infantum (leishmania)
lbz - Leishmania braziliensis (leishmania)
gla - Giardia lamblia (giardia)
tva - Trichomonas vaginalis (tricomona)
pti - Phaeodactylum tricornutum (diatomea)
tps - Thalassiosira pseudonana (diatomea)


FUENTE:
http://www.youtube.com/watch?v=uvJ-d4kXHkw
http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html
http://translate.google.com.pe/translate?hl=es&langpair=en%7Ces&u=http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html




miércoles, junio 23, 2010

NATURE: A 10 AÑOS DEL GENOMA HUMANO, CIENTIFICOS AFIRMAN QUE LES INSPIRÓ, AYUDÓ Y CAMBIÓ EN SUS INVESTIGACIONES

A 10 años de la decodificación del genoma humano y de su anuncio oficial el 26 de junio de 2000, la revista Nature consultó a más de 1.000 científicos cuyos resultados revelaron que, a un 90 % de ellos dicho desciframiento les había ayudado en sus investigaciones, 69 % que el hallazgo les inspiró para ser científicos o cambiar de línea de investigación, 46 % que su contribución les resultó “significativa” y más del 30 % que usan la secuencia casi a diario en sus proyectos.

La encuesta reveló asimismo que los científicos usan la información disponible para estudiar sus propios genomas, 15 % respondió que se sometieron a un test genético médico, 1 de cada 10, usó test comerciales de las farmacias y un 13 % reconoció que secuenciaron y analizaron parte de su propio ADN. “Para los investigadores jóvenes como yo es difícil imaginar cómo los biólogos eran antes capaces de trabajar sin ese hallazgo”, escribió uno de los encuestados.

Sobre los efectos prácticos del genoma, citaron que la Biología se benefició en un 60% y la Medicina solo en un 20%, debido al espectacular avance de las herramientas, tecnologías y métodos de secuenciación que han reducido los costos, pero aún fuera del alcance del resto. Más de un tercio consideró necesarios entre 10 a 20 años para una medicina “personalizada”, un 25% que el plazo será mayor y el 5% que no verán esos avances en toda su vida.


FUENTE:
http://www.youtube.com/watch?v=OXCopx3MBoc
http://www.abc.es/20100623/ciencia/genoma-humano-201006231927.html
http://primicias24.com/tecnologia/70-cientificos-confiesa-que-el-genoma-humano-les-inspiro/

martes, junio 22, 2010

CRAIG VENTER: PONE EN MARCHA LA FUTURA BIBLIOTECA DE GENES DEL PLANETA

A un mes de logrado crear la primera célula con un genoma sintético, el biólogo, Craig Venter, autor del primer genoma humano, ahora espera descubrir a bordo de su barco Sorcerer II, 80 millones de genes nuevos en el mar Mediterráneo durante el verano del Hemisferio Norte, cuyas muestras de "especies únicas" recogidas serán filtradas y llevadas a su laboratorio de San Diego (EEUU) para secuenciar su ADN, que luego serán publicados para el uso de los centros de investigación y universidades.

Venter, espera así incluir sus hallazgos en una futura biblioteca de genes del planeta, aseguró que el 95% de todos los genes descubiertos en el mundo fueron producto de los estudios realizados en el Sorcerer II y en esta nueva expedición confía en duplicar los 40 millones de genes conocidos. "Cada centímetro cúbico de agua tiene un millón de bacterias y diez millones de virus. Se sabe poco de los microorganismos y nuestra meta es descubrir y estudiar toda la vida que hay en el mar", manifestó.

Finalmente, el investigador estadounidense, anunció que dicho proyecto patrocinado por la Fundación Life Tecnologies, tiene el objetivo de "diseñar" nuevos organismos que ayuden a combatir el cambio climático y eliminar el dióxido de carbono, además de encontrar nuevas fuentes de combustible y energía limpia. Sin embargo, precisó, que la toma de muestras es "una cosa científica y también política", ya que es necesario conseguir el permiso de su país y de cada uno de los países visitados.


FUENTE:
http://www.youtube.com/watch?v=lDOgNEOsahI
http://www.publico.es/ciencias/322454/venter/inicia/valencia/pesca/adn/marino
http://www.eluniversal.com.mx/articulos/59238.html

sábado, mayo 22, 2010

SYNTHIA: LA PRIMERA "CÉLULA ARTIFICIAL" CON GENOMA SINTÉTICO

Aunque la “creación de vida artificial” ya causó protestas y desconfianza por parte de círculos religiosos, ecologistas y defensores de los derechos humanos

Científicos estadounidenses del Instituto Craig Venter lograron crear la primera célula controlada por un genoma sintético. El equipo liderado por Craig Venter, padre del genoma humano, tras 15 años de trabajo, sintetizaron el genoma de la bacteria Mycoplasma mycoides, a la cual agregaron secuencias de ADN para distinguir ese genoma de uno natural y lo incorporaron a una bacteria de otra especie. Experimento que ha sido publicado en la revista Science.

En anteriores oportunidades los mismos científicos habían realizado exitosos experimentos de síntesis de un genoma bacteriano, así como de transplantes del genoma de una bacteria a otra. En este nuevo trabajo combinaron ambos métodos para crear lo que denominaron “célula sintética”, a pesar de que sólo el genoma es sintético. Esto podría desencadenar una “revolución industrial” en la fabricación de organismos unicelulares que funcionen de la forma que sus creadores deseen.

Según los investigadores, esta célula artificial servirá para alimentar al mundo, servir de base para combustibles o purificar el ambiente. Asimismo, ya se planea usar este innovador método en la creación de nuevas sustancias o ingredientes alimenticios, producir vacunas y hasta para limpiar el agua o también diseñar algas que atrapen el dióxido de carbono y produzcan otro tipo de hidrocarbonos de utilidad en las refinerías.


FUENTE:
http://www.youtube.com/watch?v=k2XTZcdSMWk&feature=related
http://www.cronicaviva.com.pe/content/view/116264/321/
http://primicias24.com/tecnologia/%c2%bfpodra-la-%e2%80%9cvida-artificial%e2%80%9d-beneficiar-a-la-humanidad/
http://temas-biologia.blogspot.com/2010/05/cientificos-crean-vida-artificial-con.html

martes, abril 20, 2010

ICGC: PRIMEROS AVANCES DEL CATÁLOGO DEL GENOMA DEL CÁNCER

SECUENCIAS CANCERÍGENAS SE HARÁN PÚBLICOS ESTE 2010 Y OTROS MÁS A LO LARGO DEL 2011

El 2008 se puso en marcha el proyecto global del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer (ICGC), cuyos primeros avances son publicados en la revista Nature Genomics. El propósito principal del ICGC, conformado por más de 200 científicos, es catalogar 50 tipos y sub-tipos diferentes de cáncer en adultos y niños. Para ello, se estableció secuenciar y analizar los genomas de 500 pacientes por cada enfermedad, es decir en total unos 25.000 genomas.

El Dr Carlos López Otín de la Universidad de Oviedo, explica en pocas palabras el procedimiento que consiste en extraer el ADN de las células tumorales de cada enfermo y compararlo con el de sus células sanas, previo a un análisis del genoma del cáncer se verán qué estrategias se pueden emplear para evitarlo. “Dentro de cinco años, cada paciente tendrá su propio manual, su gran diccionario del cáncer " agrega Lopez Otín.

CRONOLOGÍA DEL PROYECTO

2009 secuenciación del genoma de 5 pacientes.
2010 se espera secuenciar los genomas de 20 pacientes
2011 al 2015: se espera completar los genomas de los 500 pacientes previstos.

Este 2010 sea anunciado publicar centenares de secuencias cancerígenas y a lo largo del 2011 se incorporarán muchas más. El secuenciado de genomas toma hoy tan solo tres días a diferencia de los 10 años que llevó secuenciar por primera vez el genoma humano. Actualmente, los españoles están encargados del cáncer de leucemia linfática crónica del cual ya se disponen los primeros avances, los británicos del cáncer de mama, y los australianos del tumor pancreático.

INICIOS DEL SECUENCIADO DEL CANCER DE LEUCEMIA LINFÁTICA



FUENTE:
http://www.youtube.com/watch?v=NxbLI3PgFfc
http://www.eluniversal.com.mx/articulos/58194.html
http://informe21.com/revista-nature/primeras-paginas-del-diccionario-del-cancer-desarrollado-cientificos-del-icgc

sábado, abril 03, 2010

RIBOZIMA DE 5 NUCLEÓTIDOS: ¿LA MOLÉCULA MÁS PRIMIGENIA DE LA MAQUINARIA DE LA VIDA?

UN PUNTO MÁS A FAVOR DE LA HIPÓTESIS DEL “MUNDO DE ARN”

Una molécula de ribozima (enzima de ARN), ha sido creada por los científicos Rebecca Turk, Nataliya Chumachenko y Michael Yarus de la Universidad de Colorado en Boulder.

Dicho ARN catalítico de tan solo 5 nucleótidos puede catalizar reacciones químicas claves para la síntesis de proteínas. Descubrimiento que podría constituir un avance sustancial hacia el conocimiento definitivo de los orígenes de la vida en la Tierra.

HIPÓTESIS DEL “MUNDO DE ARN”

Una interrogante muy difícil de responder para los científicos fue de dónde surgieron las primeras proteínas, si se sabe que éstas son muy complejas y que muchas son enzimas con actividad catalítica.

La hipótesis del "Mundo de ARN" trata de explicar planteando que las primeras macromoléculas catalíticas en la Tierra podrían haber sido moléculas de ARN, dado que son un tanto simples y son capaces de catalizar reacciones químicas sin la presencia de proteínas. Y que posteriormente desarrollaron una membrana celular a su alrededor y llegaron a convertirse así en la primera célula procariota.

El presente descubrimiento otorga actualmente una mayor credibilidad a la hipótesis del "Mundo de ARN", el cual propone finalmente que la vida en la Tierra evolucionó a partir de formas antiguas de ARN; no hay que olvidar asimismo el hallazgo de ribozimas como componentes esenciales de los ribosomas, los cuales son esenciales para la síntesis de proteínas.




FUENTE:
http://www.amazings.com/ciencia/noticias/020410e.html